Nació en San Sebastián en 1942. Licenciado en Periodismo por la Universidad de Navarra.
A los 26 años fue nombrado director de la COPE de San Sebastián y al año siguiente pasó a la SER como Director de la emisora. En 1971 asumió la dirección de Radio Sevilla.
En 1978 llega a Madrid y se hace cargo de la Dirección de Hora 25 y la coordinación de los Servicios Informativos de la SER, cuya dirección pasa a ocupar un año más tarde. En 1981 abandona la SER y se pasa a RTVE como Director de los Servicios Informativos de Televisión Española. En esa etapa vivió el intento de golpe de Estado 23-F, una situación excepcional de la que se derivó su debut como presentador del Telediario de noche.
Con una experiencia de más de 40 años en el sector audiovisual, Gabilondo se ha convertido en una referencia indiscutible de la radio española, en Hoy por Hoy de la Cadena SER, que creó y dirigió durante 20 años, y que se convirtió en el programa más escuchado de la historia de la radio.
Posteriormente compaginó su labor en la SER con numerosos programas televisivos en diversas cadenas: En Familia (TVE), Iñaki, los jueves (Forta), Gente de Primera (TVE) e Informativos de Tele 5. 
En 2005 se unió al proyecto de Cuatro, y posteriormente a CNN+, donde dirigió el informativo nocturno “HOY”.
Ha sido reconocido con los premios más importantes de periodismo: Ortega y Gasset, Cerecedo, Asociación de la Prensa, Medalla Gandhi de la UNESCO, Miguel Delibes y siete premios ONDAS entre otros.
Es Doctor Honoris Causa por las Universidades de Valencia, Lleida, Burgos, Rey Juan Carlos I de Madrid e Internacional Menéndez Pelayo.
En la actualidad, colabora todas las mañanas con su Comentario en “Hoy por Hoy”, desarrolla su videoblog “La Firma de Iñaki Gabilondo” para El País y la Cadena SER,  presenta en el Canal #0 de Movistar + “Cuando ya no esté” un espacio de entrevistas sobre con personalidades internacionales de la ciencia, tecnología y conocimiento.